DNA-metoder som en naturlig del af proceskontrollen

Ikke langt ude i fremtiden vil de nye DNA-baserede analysemetoder til identifikation af bakterier indgå som en naturlig del af den daglige proceskontrol. At sekventere bakteriernes DNA er ikke en ny teknologi, men at der nu findes håndholdte enheder på størrelse med en mobiltelefon der kan gennemføre analysen, og at priserne er godt på vej ned,- det er nyt! I dag identificerer vi bakterier ved brug af vækstmedier i form af agarplader. Det fungerer godt, men begrænsningen er, at man ”kun” får svar på det, man specifikt spørger om. Er der Listeria,- ja eller nej? Med DNA-sekventering fås viden om ALLE bakterier, der er til stede i en given prøve. Det stiller selvfølgelig store krav til databehandlingen, da der godt kan være DNA fra et par tusinde forskellige bakterier i fx en miljøprøve, og det er selvfølgelig ikke alle bakterier, der er lige vigtige for fx holdbarhed af det færdige produkt.

Et konkret eksempel på brug af DNA-sekventering i en kødforædlingsvirksomhed

På en virksomhed blev der udtaget svaberprøver fra produktionslinjen af et kødprodukt. Disse prøver blev analyseret med DNA-sekventering. Der blev også udtaget produkter, produceret på linjen. Produkterne blev lagret på køl frem til efter holdbarhedsdatoen, og indholdet af bakterier blev løbende undersøgt med DNA-sekventering. Da produktet var udløbet, var der to dominerende bakterier til stede, som var kendte fordærvelsesbakterier. Vi gennemgik alle resultater fra svaberprøverne og fandt de steder i produktionen, hvor netop de to fordærvelsesbakterier ”boede”. Arbejdshypotesen er så, at med målrettet rengøring på disse steder på linjen, da vil holdbarheden af produktet kunne forlænges.

Figuren viser, at bakterien C er dominerende i produktet ved udløb, den var kun svagt repræsenteret i produkterne på dag 1 ved pakning, men kunne påvises som en væsentlig del af floraen i miljøprøverne 1, 2, 5, 7 og 8.