Sekventering som værktøj til proceskontrol

Brugen af 16S rRNA gensekventering af prøver fra produktionsmiljøet åbner op for viden, der kan omsættes til handling.

I et samarbejde med to forædlingsvirksomheder blev prøver indsamlet fra produktionsmiljø og fra produkter hen over en et-årig periode. Ved løbende at analysere de indsamlede prøver med 16S rRNA gensekventering kunne der skabes et overblik over den mikrobielle sammensætning i produktionsmiljøet og ny-producerede produkter - med andre ord en “baseline” for, hvilke bakterier der udgør “husfloraen” i den givne virksomhed. I de efterfølgende holdbarhedsforsøg af de indsamlede produkter blev ændringer i produkternes mikrobielle sammensætning identificeret inklusiv fordærvelsesbakterier med holdbarhedsbegrænsende effekt.

En lang række bakterier blev identificeret i prøver fra begge virksomheder. Produkterne fra den ene virksomhed havde meget lang holdbarhed. Der var en tilsvarende lav forekomst af bakterier i produktet, der forblev lav og med meget få ændringer i sammensætningen hen over lagringsperioden.

Produkterne fra den anden virksomhed havde varierende bakteriesammensætning fra hver gang, der blev indsamlet prøver, samt flere bakterier i både produktionsmiljøet samt de nyproducerede produkter sammenlignet med den første virksomhed. Holdbarhedsforsøg viste en stigning i kimtal samt en markant ændring af den mikrobielle sammensætning i produkterne ved udløbsdatoen.

Lactobacillus sakei og Leuconostoc carnosum blev identificeret som de vigtigste fordærvelsesbakterier i produkterne fra begge virksomheder.

I produkter fra den ene virksomhed blev Lactobacillus sakei og Leuconostoc carnosum identificeret meget tidligt i holdbarhedsperioden, og vi kunne spore dem tilbage til et specifikt produktionsudstyr. I produkterne fra den anden virksomhed var forekomsten af de to fordærvelsesbakterier lav, hvilket stemte godt overens med, at produkterne også kun var sporadisk fordærvede, og dette var først meget lang tid efter udløbsdatoen.

Viden om, hvor disse specifikke bakterier befinder sig i produktionsmiljøet, åbner op for en målrettet indsats som fx ekstra rengøring.

Resultaterne fra brug af DNA-sekventering i fødevareproduktionen blev præsenteret til AOAC Europe NMKL NordVal International Symposium.

Støttet med midler fra Svineafgiftsfonden