DNA-identifikation af bakterier i fødevarer
DNA-sekventering gør det muligt at identificere bakterier i fødevarer og produktionsmiljøer med høj præcision og på kort tid. Metoden kan bruges til at kortlægge fordærvelsesbakterier, undersøge uønsket bakterievækst og styrke kvalitetskontrollen i fødevarevirksomheder.
Moderne DNA-sekventeringsteknologi, også kaldet next generation sequencing (NGS), blev først anvendt i forskningsprojekter for at skabe en bedre forståelse af, hvilke bakterier der ødelægger forskellige produkter ved endt holdbarhed, og hvorfra de overføres til produkterne. Forskningen viste, at NGS er et stærkt værktøj, fordi metoden kan identificere bakterier, der normalt ikke kan dyrkes frem med klassisk mikrobiologi. En anden fordel er, at metoden er væsentligt hurtigere end de klassiske metoder.
I dag anvender vi ikke kun NGS i forskning, men også i kundeopgaver. Et eksempel er en kunde, der sendte os et produkt med uønsket bakterievækst. Seks timer efter modtagelsen af prøven kunne vi sende analyseresultatet til kunden.
DNA-sekventering i fødevareproduktion
Det er stadig begrænset, hvor meget NGS-teknologier anvendes i fødevarevirksomheder. En af grundene er, at sekventering tidligere har været dyrt og krævet både specialudstyr og akademisk ekspertise. I dag er priserne faldet, og metoderne er blevet mere brugervenlige. Det gør teknologien mere relevant som værktøj i kvalitetskontrol og fejlfinding i fødevareproduktion.
Mikrobiomanalyser til identifikation af fordærvelsesbakterier
Mikrobiomanalyse er en NGS-metode, som gør det muligt at identificere alle bakterier og deres fordeling i en prøve i løbet af timer. Med andre ord kan den samlede bakteriesammensætning i en prøve beskrives. Det er denne metode, vi oftest anvender i forskningsprojekter og kundeopgaver.
Bakterier, der kan fordærve fødevarer, findes naturligt overalt. De gør os ikke syge, men de forkorter holdbarheden af fødevarer. Med NGS er det muligt at overvåge produktionslinjer tæt på realtid og dermed hurtigt korrigere og reducere forekomsten af uønskede bakterier, fx med pauserengøring.
NGS-mikrobiomanalyse kan også bruges til at beskrive udviklingen i den mikrobielle sammensætning i et produkt ved udvikling af nye recepter, ændrede produktionsmetoder og udskiftning af emballage.
Helgenomsekventering til bestemmelse af slægtskab
Helgenomsekventering (Whole Genome Sequencing, WGS) er den mest præcise metode til at identificere en bakterie. WGS benyttes derfor af myndighederne ved sporing af sygdomsudbrud forårsaget af fødevarer.
Teknologisk Institut anvender også WGS i forskningsprojekter, men metoden er fortsat mere tidskrævende og dyrere end NGS. Udviklingen inden for sekventering går hurtigt, og WGS kan meget vel blive en central del af fremtidens mikrobiologi.