Nye mikrobiologiske metoder - 2020->

Birgit Groth Storgaard

Jeg er din kontaktperson

Skriv til mig

Indtast venligst et validt navn
Eller dit telefonnummer
Sender besked
Tak for din besked
Vi beklager

På grund af en teknisk fejl kan din henvendelse desværre ikke modtages i øjeblikket. Du er velkommen til at skrive en mail til Send e-mail eller ringe til +45 72 20 13 42.

mikrolab

Nye mikrobiologiske metoder - 2020->

Formål

Formålet med projektet er at vurdere perspektiverne ved de nyeste mikrobiologiske metoder i forhold til kødindustriens behov samt sikre branchen nem og hurtig adgang til den nyeste viden om mikrobiologiske problemstillinger og -metoder, så kunde- og myndighedskrav kan imødekommes

Projektstatus 2. kvartal 2020

Det vigtigste nye output er, at hurtigtest af patogener (Salmonella og Listeria monocytogenes ) ved Molecular Detection System (MDS) instrument fra 3M er gennemført. MDS metoden kunne påvise både Salmonella og Listeria i niveauer svarende til 101 CFU/25 g prøve i både fersk hakket kød samt forædlede produkter, der var spiket med bakterierne. Dog virkede MDS metoden bedre til påvisning af L. monocytogenes end til Salmonella, hvor L. monocytogenes blev påvist på under 30 timer.

Metodens robusthed til påvisning af Salmonella afhænger af længden på opformeringstrinnet, da metoden blev fundet sensitiv for falsk positive resultater, hvis opformeringstrinnet var for langt. Metoden er brugervenlig, men kræver praktisk oplæring for at mindske risikoen for krydskontaminering og signal-artefakter pga. ukorrekt prøvehåndtering.

Til optimering af 16S-analyse for identifikation af fordærvelsesbakterier i kødprodukter, er en cocktail af kendte og kødrelevante fordærvelsesbakterier sammensat. Denne cocktail anvendes til sammenligningsstudier og som positiv kontrol ved hver 16S-analyse og skal sikre valide og robuste resultater ved anvendelse af de hurtige 16S sekventeringsanalyser. 

Den næste store aktivitet i projektet er, at engangsflowceller (Flongles) til Minion skal afprøves til 16S sekventering. Testen skal vise, om mængden af sekvensdata og sekventeringskvaliteten er tilstrækkelig til identifikation af fx fordærvelsesbakterier, da den lavere pris gør flongles attraktive for anvendelse i rutinemæssige 16S analyser. 

 

Projektstatus 1. kvartal 2020

Generelt nyt

Det mikrobiologiske laboratorium på DMRI er netop blevet gen-akkrediteret af DANAK og er nu overgået til den nye ISO-standard (ISO 17025:2017).

Hurtig test af patogener

DMRI har lånt et Molecular Detection System (MDS) instrument af 3M. Instrumentet er baseret på en PCR-metode og kan på under 2 timer påvise (kvalitativ måling) tilstedeværelsen af fødevarepatogener fx Listeria og Salmonella i en prøve. Metoden lever op til kravene om påvisning af 1 CFU i 25 g færdigprodukt og er AOAC og ANFOR certificeret. Instrumentet bliver testet på hakket grisekød tilsat L. monocytogenes og Salmonella og vurderes på brugervenlighed og robusthed ift. om instrumentet er egnet til brug i fødevarevirksomheder som alternativ til dyrkningsbaserede metoder. Metoden er fortsat under afprøvning.

DNA-metoder

Engangsflowceller (Flongles) til Minion er under afprøvning til 16S sekventering. Flongles koster 1/10 af prisen sammenlignet med traditionelle flowceller, men har samlet mindre kapacitet (DNA-sekventeringen forløber langsommere og der produceres færre DNA-sekvenser). Testen skal vise, om mængden af sekvensdata og sekventeringskvaliteten er tilstrækkelig til identifikation af fx fordærvelsesbakterier, da den lavere pris gør flongles attraktive for anvendelse i rutinemæssige 16S analyser.

Til optimering af holdbarhedsvurderinger med 16S-analyse sammensættes en cocktail af kendte og kødrelevante fordærvelsesbakterier til kontrol, der skal sikre valide og robuste resultater ved anvendelse af de hurtige 16S sekventeringsanalyser